مرکز سنجش آموزش پزشکی اعلام کرده است برای این دوره از آزمون دستیاری، مرحله تکمیل ظرفیت اجرا می‌شود و مرحله تکمیل ظرفیت در پنجاهمین دوره آزمون پذیرش دستیار تخصصی پزشکی از سوم مهرماه آغاز می‌شود و داوطلبان واجد شرایط تا ۷ مهرماه می‌توانند انتخاب رشته کنند.
آن دسته از داوطلبان پنجاهمین دوره آزمون پذیرش دستیار تخصصی که در مرحله اصلی مجاز به انتخاب رشته محل بوده و در اعلام نتایج مرحله اصلی مردود اعلام شده اند و یا به هر دلیل موفق به انجام انتخاب رشته محل نشده اند، می‌توانند از ساعت ۱۰ صبح دوشنبه ۳ مهر تا ساعت ۲۴ روز جمعه ۷ مهر ۱۴۰۲ با مراجعه به سایت مرکز سنجش آموزش پزشکی، انتخاب رشته کنند.
ضمناً براساس رأی صادره در نود و یکمین نشست شورای آموزش پزشکی و تخصصی مورخ ۱۹ آبان ۱۳۹۸ داوطلبان با توجه به نمره و حدنصاب مرحله اصلی هر رشته محل، مجاز به انتخاب آن رشته محل هستند.
به بیان دیگر هر داوطلب در فرم انتخاب رشته محل خود قادر است تنها رشته محل‌هایی رامشاهده کند که نمره حد نصاب لازم آنها را کسب کرده باشد. کسب حد نصاب لازم در هر رشته محل به منزله پذیرش نهایی نیست و پذیرش نهایی براساس قوانین و مقررات مندرج در دفترچه راهنمای ثبت نام و انتخاب رشته محل است.
تذکر ۱: داوطلبانی که مجاز به انتخاب رشته محل‌های مربوط به سهمیه مناطق محروم هستند، در صورت علاقمندی به انتخاب رشته محل‌های مذکور باید براساس جدول شماره ۱ دفترچه راهنمای انتخاب رشته محل نیاز دانشگاه‌های علوم پزشکی در هر رشته، جهت سپردن تعهد به مناطق محروم استان‌های محل استقرار آن دانشگاه‌ها انتخاب رشته محل کنند.
تذکر ۲: داوطلبانی که با استفاده از سهمیه استعداد درخشان و استریت معدل… و در پنجاهمین دوره آزمون پذیرش دستیار تخصصی پزشکی شرکت کرده اند، چنانچه تا ۳۱ شهریور ۱۴۰۲ فارغ التحصیل شده باشند مجاز به انتخاب رشته محل هستند. در غیر اینصورت شرکت ایشان در این مرحله تکمیل ظرفیت تخلف محسوب شده و براساس قوانین با آنها برخورد خواهد شد.
جدول میزان ظرفیت در مرحله تکمیل ظرفیت پنجاهمین دوره آزمون دستیاری پزشکی
| ردیف | رشته | دانشگاه‌های علوم پزشکی پذیرنده | ظرفیت |
| ۱ | بیماری‌های داخلی | اراک، اهواز، ایلام، بجنورد، بقیه الله (بورسیه)، بوشهر، دزفول، رفسنجان، زاهدان، شاهرود، قزوین، کردستان، یاسوج | ۹۳ نفر |
| ۲ | بیماری‌های عفونی و گرمسیری | اراک، اصفهان، اهواز، ایران، بندرعباس، تبریز، تهران، زاهدان، زنجان، شهیدبهشتی، قزوین، کاشان، کردستان، کرمانشاه، مازندران، مشهد، همدان، هرمزگان | ۱۴۱ نفر |
| ۳ | بیهوشی | اراک، ارتش، اردبیل، ارومیه، اصفهان، البرز، اهواز، ایران، بابل، بقیه الله (کادر ثابت / بورسیه)، بندرعباس، بیرجند، تبریز، تهران، جهرم، رفسنجان، زابل، زاهدان، زنجان، سمنان، شهرکرد، شهیدبهشتی، شیراز، قزوین، قم، کاشان، کردستان، کرمان، کرمانشاه، گلستان، گیلان، لرستان، مازندران، همدان، یاسوج، یزد | ۳۰۵ نفر |
| ۴ | پزشکی اجتماعی | اصفهان، ایران، شیراز | ۱۰ نفر |
| ۵ | پزشکی قانونی | ایران، تهران، شهیدبهشتی | ۲۴ نفر |
| ۶ | جراحی عمومی | بقیه الله (کادر ثابت / بورسیه)، بجنورد | ۴ نفر |
| ۷ | جراحی کلیه و مجاری ادراری | بقیه الله (کادر ثابت / بورسیه) | ۲ نفر |
| ۸ | زنان وزایمان | بقیه الله (کادر ثابت)، زابل، کردستان | ۱۲ نفر |
| ۹ | طب اورژانس | اراک، ارتش، اصفهان، البرز، اهواز، ایران، بقیه الله (کادر ثابت / بورسیه)، بندرعباس، تبریز، تهران، زاهدان، زنجان، سمنان، شاهرود، شهیدبهشتی، شیراز، قم، کردستان، کرمان، کرمانشاه، گیلان، مازندران، مشهد، همدان، یزد | ۴۰۹ نفر |
| ۱۰ | کودکان | اراک، اردبیل، ارومیه، اصفهان، اهواز، ایران، ایلام، بابل، بجنورد، بقیه الله (کادر ثابت / بورسیه)، بندرعباس، بوشهر، بیرجند، جهرم، دانشگاه آزاد، دزفول، رفسنجان، زابل، زاهدان، زنجان، سبزوار، سمنان، شهرکرد، شهیدبهشتی، فسا، قزوین، قم، کاشان، کردستان، کرمانشاه، گلستان، لرستان، مازندران، همدان، گناباد، دانشگاه آزاد، یاسوج | ۳۰۷ نفر |
| ۱۱ | روانپزشکی | هرمزگان، ارتش | ۵ نفر |
| ۱۲ | طب سالمندی | ایران، تهران | ۴ نفر |
| ۱۳ | پزشکی خانواده | اصفهان، ایران، تهران، شهیدبهشتی، مازندران، بیرجند، شیراز | ۱۴ نفر |
| جمع | ۱۳۳۰ نفر | ||
پیش از این ظرفیت پذیرش در پنجاهمین دوره دستیاری ۴ هزار و ۶۱۲ نفر اعلام شده بود.
