در پی تصویب آیین نامه کلیات تأسیس مراکز آموزش عالی غیر دولتی – غیر انتفاعی در یکی ازجلسات شورای عالی انقلاب فرهنگی، رویکرد دولت در بخش آموزش عالی به سمت مشارکت مردمی در توسعه این بخش متمایل گردید و دانشگاهها و مؤسسه های غیر دولتی – غیر انتفاعی در حوزه آموزش عالی به همت علاقه مندان به علم و فرهنگ و اساتید فرهیخته و دلسوز نظام اسلامی، تأسیس گردید.
در سالهای ۷۸ و ۷۹ بنا به پیشنهاد برخی از مؤسسات و تأیید مسئولین وزارتخانه، تشکیل همایش سالانه رؤسا و سرپرستان دانشگاهها و مؤسسه های آموزش عالی مورد توجه قرار گرفت و در یکی از همین همایش ها با تشکیل کمیته پیگیری ضرورت تشکیل اتحادیه مورد تأکید قرار گرفت و با اهتمام کمیته مذکور در آذرماه ۱۳۸۲ مجوز تأسیس اتحادیه صادر گردید.
در پنجمین همایش و مجمع عمومی مورخه ۸۳/۷/۲۳ ، که با حضور رؤسا و نمایندگان ۳۴ دانشگاه و مؤسسه آموزش عالی غیر دولتی – غیر انتفاعی و مسئولین وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، به میزبانی مؤسسه آموزش عالی طبرستان در شهرستان چالوس در استان مازندران برگزار شد، اولین شورای مرکزی اتحادیه انتخاب شد

رسالت اتحادیه دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی غیردولتی- غیرانتفاعی

• هماهنگی در اجرای برنامه‌های توسعه علمی بویژه کاهش تصدی‌گری دولت و توسعه مشارکت مردمی در بخش آموزش عالی
• زمینه‌سازی در جهت ارتقای کیفیت علمی و پژوهشی مؤسسات آموزش عالی غیردولتی – غیرانتفاعی
• فعالیت در جهت تأمین نیاز های مرتبط با توسعه پایدار و ضابطه مند بخش آموزش عالی غیردولتی غیرانتفاعی
• “انسجام بخشی” و” ایجاد هماهنگی” در فعالیت‌های مربوط به آموزش عالی بخش‌های دولتی و غیردولتی
• معرفی استانداردهای علمی مؤسسات و کمک به حفظ آنها و کمک به نظارت برفعالیت‌های آموزشی و پژوهشی آنها
• توسعه مراودات علمی – پژوهشی و فعالیت‌های مشترک با مراکز علمی داخل و خارج از کشور
• تلاش در جهت توانمند سازی نظام مدیریت عمومی و علمی مؤسسات آموزش عالی غیردولتی غیرانتفاعی
• مشارکت در نظام تصمیم‌سازی بخش آموزش عالی کشور
  انتشار کتب و نشریات علمی.